DNAシーケンス受託解析について｜研究基盤支援施設｜実験支援部門

研究基盤支援施設Bioscience Core Facility

DNAシーケンス受託解析について

（ABI PRISM 3130xl Genetic Analyzer使用）

◆DNAシーケンス料金

1サンプル 260円、　1plate (96 well)　21,000円

4-6月、7-9月、10-12月、1-3月ごとに集計し、受託解析利用申請書に記載された請求先へ宝町・会計課より連絡があります。

◆解析日

原則、月曜日、水曜日、金曜日。　当日朝9:00締め切り

※曜日を変更する場合は、事前に連絡致します。

well plateでご依頼の場合は上記曜日以外も対応可能です。メールでご相談下さい。

◆ご依頼方法

メール；必要事項を記載した受託シートを必ず添付しseq-biosci.core@ml.kanazawa-u.ac.jp　までメールでご依頼ください。

受託シート記載内容

①所属
②お名前
③サンプル総数
④サンプルの内訳；BigDyeバージョン別にサンプル数と泳動時間、サンプル精製（BigDye XTerminator™ Purification Kit使用 orエタノール沈殿など）

※泳動時間の目安　〜約700bp　1時間　　　〜約850bp　2時間

【サンプル名の記載における注意事項】　サンプル名が複雑な場合、チューブに記入された文字が読めないケースがあります。できるだけ単純な名前にするか、チューブには通し番号を記入し、受託シートにサンプル名の詳細をご記載ください。シーケンスの結果は受託シートに記載されたサンプル名でお返し致します。また、スペース ♀ / : ? ” < > などはシーケンスファイルが作成されないため，使用しないで下さい。

提出物
①アルミホイルで遮光したサンプル（アルミホイルに所属、BigDyeのバージョン、サンプル数を記載）
②受託シート（メール添付と同じもの）
を封筒に入れ、直接持参または学内便にてお送りください。

直接持参　月から金曜日　8：30〜18:00, 2階管理室前冷蔵庫に入れてください。BigDye XTerminator™ Purification Kit使用サンプルは冷蔵、乾燥サンプルは冷蔵・冷凍どちらでもかまいません。
学内便　宛先　疾患モデル総合研究センター　研究基盤支援施設　目黒　行き（※ご希望の解析日の前日には到着するようにお願い致します。）

◆サンプル処理について

BigDye Terminator Cycle Sequence Kit (ver 1 or ver 3 ) (アプライドバイオシステムズ社)を用いてシーケンス反応を行い、1.5mlチューブでエタノール沈澱またはスピンカラムなどで余分な蛍光色素を除去し、完全に乾燥させてください。

96 well plateでエタノール沈澱ができる方は96　well plateでご提出いただいてかまいません。ただし、サンプル数は96本、用いるプレートはABI純正の96well plateと限定させていただきます。また、ホルムアミドを溶かす際に、ふたが必要なので、8連または12連のふたあるいは、シールを別に添付して下さい。

BigDye XTerminator™ Purification Kitを使用し精製を行う場合は、上清を最低でも60μl以上ご提出ください。

◆データの引き渡し

シーケンスが終わり次第メール添付にてお渡し致します。封筒等は学内便にてお返しします。

（その他の媒体でのデータ受け取りご希望の方はご相談下さい。）

◆波形データの見方

波形データを見るためには、ソフトウエアをダウンロードして下さい。使用するパソコンによって利用できるソフトウエアが異なります。（その他のフリーのソフトウエアも多数あります。参考にして下さい。）　

＜Windows をご使用の場合＞　　　

・Sequence Scanner　　http://resource.lifetechnologies.com/pages/WE28396/（ABIから提供されているフリーソフトです）　　

・Chromas　　　　http://technelysium.com.au/wp/chromas/　　

・Bio Edit　　 https://bioedit.software.informer.com/7.2/　　　

・FinchTV　　 https://digitalworldbiology.com/FinchTV　　　

・ApE　　　https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/　　　